En 2001, il passe l’agrégation des universités en sciences de gestion. Il est nommé à l’Université de Paris 10 Nanterre en tant que Professeur des Universités. Il y prend la direction du Laboratoire Céros (Centre d’Etudes et de Recherches sur les Organisations et la Stratégie), fonction qu’il occupe jusqu’en 2009. En mars 2013, sur proposition de Jean-Paul Delevoye, Président du Conseil Economique Social et Environnemental, il est nommé au nouveau Haut Conseil des Finances Publiques, présidé par Didier Migaud. En décembre 2013, il rejoint l’IAE (Institut d’Administration des Entreprises) de l’Université Paris I Panthéon Sorbonne. Il aborde également la question du financement de l’agriculture européenne ; il lance en 2014 un vaste programme de recherche européen sur cette question.

C’est à partir de 2007 que Philippe Dessertine intervient dans les medias, faisant appel à ses compétences : à la télévision, en particulier dans l’émission C dans l’air sur France 5, mais également dans Le club de l’économie sur TF1, Ce soir (ou jamais !), Mots croisés, ainsi qu’au journal de 20 heures de TF1 et au journal de 20 heures de France 2, mais également dans des télévisions étrangères. Philippe Dessertine intervient également dans des émissions de radio : il est un invité récurrent de Nicolas Doze dans l’émission Les Experts sur BFM Business ; pendant l’été 2012, il anime une chronique quotidienne sur Europe 1 et en 2013, il devient un invité récurrent de l’émission de Patrick Poivre d’Arvor à 19h sur Radio Classique. Il est Président du Cercle de l’Entreprise, Vice-Président du Cercle Turgot et membre du Grand Jury du Prix Turgot.