Dès l’obtention de l’agrégation, Raphaël Enthoven participa, aux côtés de Michel Onfray, au lancement de l’Université Populaire de Caen, puis contribua à la création de la Société Normande de Philosophie, avant d’organiser et d’animer, depuis 2004, d’abord à la Bibliothèque François Mitterrand puis au Théâtre de l’Odéon, une dizaine de rencontres annuelles avec des philosophes, des écrivains et des historiens de l’art mus par l’oxymore cher à Antoine Vitez de « l’élitisme pour tous ». Parallèlement à cela, de 2003 à 2006, il a construit une bibliothèque orale sur France-Culture dans le cadre de l’émission « Commentaires » (accessible en CD) dont l’objet était de donner à comprendre à un public aussi large que possible les classiques de la pensée. De 2007 à 2011, tout en concevant et animant l’émission « Philosophie » sur Arte (depuis 2008), Raphaël a produit et animé, Les Nouveaux chemins de la connaissance qui proposaient et proposent encore aux auditeurs de France-Culture une heure quotidienne de philosophie, d’histoire de l’art et de littérature.

Enfin, après avoir participé à la matinale de France-Culture (« Le monde selon Raphaël Enthoven »), il a lancé une nouvelle émission en septembre 2012, intitulée Le Gai Savoir et diffusée chaque dimanche, de 16h à 17h. En septembre 2015, il publie “Anagrammes pour lire dans les Pensées” (Actes Sud) avec Chen Jiang- Hong et Jacques Perry-Salkow, puis “Vermeer – le jour et l’heure” avec Jacques Darriulat (Fayard). Puis Little Brother paraît chez Gallimard en mars 2016. En janvier 2018, il publie « Morales Provisoires » aux éditions de l’Observatoire. L’année suivante, ses « Nouvelles morales provisoires » reprennent l’ensemble de ses chroniques…

En 2021, Raphaël Enthoven publie l’Ecole des Dames aux éditions de l’Observatoire, sa première pièce où il parodie l’Ecole des Femmes de Molière. Dans cet ouvrage, il revient sur le spectacle quotidien de notre société contemporaine et réfléchit aux résonances de Molière dans l’actualité : #MeToo ; misogynie, féminisme … Au féminisme, il donne sa propre définition. “J’ai tendance à penser que les femmes et les hommes ont des droits égaux. Et que la différence ne change rien quant aux droits à l’indifférence. Je crois à la différence des sexes, mais je crois à l’indifférenciation des citoyens. Mon féminisme est un universalisme” explique-t-il. Il est l’un des fondateurs du nouveau magazine Franc-Tireur avec Caroline Fourest, Christophe Barbier et Eric Decouty. Cette nouvelle parution a pour ambition de “défendre la raison” et s’élever “contre les extrémismes et les populismes” de tous bords.